Identification

Identification de divers agents pathogènes Gram négatifs appartenant aux familles des Enterobacteriaceae, Vibrionaceae, Aeromonadaceae et Yersiniaceae spp (à l'exception de Y. pestis), par une combinaison de MALDI-TOF, d'analyse de la séquence de l'ARNr 16S et (le cas échéant) de tests biochimiques d'utilisation des substrats.

Isolat (culture pure) provenant d’urine, de selles, de sang, de l’environnement, d’aliments ou d’autres sources

Isolat fourni sur un milieu de culture approprié présentant une croissance visible. Les échantillons peuvent également être envoyés congelés, à condition qu’ils soient expédiés dans un milieu approprié permettant leur survie pendant le transport.

Envoyer sous forme de culture sur un milieu de culture approprié ou dans un milieu de transport approprié. Les échantillons congelés doivent être expédiés sur de la glace carbonique ou par une autre méthode garantissant qu’ils restent congelés.

L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.

Gastro-entérite, septicémie, infection, autres.

Formulaire de requête des maladies entériques dûment rempli.

S/O

MALDI-TOF MS (Bruker Biotyping) : résultats MALDI-TOF analysés à l'aide de la base de données Bruker Biotyper la plus récente (ou d'une base de données complémentaire développée en interne) (non accréditée selon la norme ISO/IEC 17025 à l'heure actuelle)

Séquençage du gène 16S rRNA : Séquences comparées à la base de données 16S rDNA des
séquences de référence connues issues de bases de données accessibles au public sur NCBI (GenBank) et regroupées (à l'aide de BioNumerics ou d'autres outils)

Identification phénotypique (biotypage) : comparaison des réactions observées (phénotypiques) issues d’une série de tests d’utilisation de substrats avec les réactions attendues publiées. Utilisée pour les espèces Vibrio, les espèces Yersinia (à l’exception de Y. pestis) et (dans de rares cas) pour les pathogènes entériques à Gram négatif.

*Des méthodologies basées sur le séquençage du génome entier (in silico) peuvent être appliquées pour faciliter l’identification finale (non accrédité selon la norme ISO/IEC 17025 à l’heure actuelle)

Remarque : Tous les isolats identifiés comme Vibrio cholerae seront soumis à un sérotypage, un sous-typage et un test de détection des toxines.

Pour les échantillons de diagnostic clinique ou liés à une épidémie* : 28 jours calendaires.

Pour les échantillons de surveillance ou de recherche* : 3 mois

*Veuillez indiquer sur la demande si l'identification est destinée i) à un diagnostic clinique ou à une épidémie OU ii) à une application de surveillance ou de recherche.

Veuillez noter que pour les organismes à croissance lente ou difficile, la communication des résultats peut être retardée au-delà des délais indiqués.

1. Murray, P.R., Baron, E.J., Jorgensen, J.H., Pfaller, M.A., Yolken, R.H., Manual of Clinical Microbiology. 2003. ASM Press. Washington, DC. USA
2. Bizzini A, Jaton K, Romo D, Bille J, Prod'hom G, Greub G. Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry as an alternative to 16S rRNA gene sequencing for identification of difficult-to-identify bacterial strains. J Clin Microbiol. 2011 Feb;49(2):693-6. doi: 10.1128/JCM.01463-10. Epub 2010 Nov 24. PMID: 21106794; PMCID: PMC3043501.
3. Han, X.Y. (2006). Bacterial Identification Based on 16S Ribosomal RNA Gene Sequence Analysis. In: Advanced Techniques in Diagnostic Microbiology. Springer, Boston, MA. https://doi.org/10.1007/0-387-32892-0_20.
4. Laboratory Methods for the Diagnosis of Cholera Vibrio and Other Vibrios. 1991. Institut Pasteur 28, rue du Docteur-Roux 75724 PARIS CEDEX 15 - FRANCE.
5. Petersen, J.M., Gladney , L.M. , and Schriefer , M.E.( 2015 ). Chapter 39. Yersinia. In: Manual of Clinical Microbiology, 11e (ed. J. Versalovic ), 738 – 751. Washington, DC:ASM Press