Séquençage du génome entier (SGE) **Examen des critères relatifs aux patients

Séquençage du génome entier des micro-organismes Gram-positifs : VRE, MRSA, C. difficile.

Culture pure

Isolat fourni sur un milieu de culture approprié pour les micro-organismes Gram-positifs.

Envoyez les cultures sous forme de colonie sur un milieu de culture ou dans un milieu de transport. Le récipient de culture doit être étanche ou correctement scellé.

L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.

**Veuillez nous contacter (nml.arni-rain.lnm@phac-aspc.gc.ca ou 204-789-5000) pour cette demande afin que nous puissions évaluer la charge de travail.

** Dans le cadre de cette évaluation, veuillez répondre aux questions suivantes lorsque vous sollicitez une aide pour une épidémie :

Q1 – S'agit-il d'une épidémie en cours ou d'une enquête à long terme sur des cas ? (Délai raisonnable pour que les cas liés à l'épidémie soient examinés par le site à l'aide de données épidémiologiques)

Q2 – Quelle est la justification de la demande d’analyse génomique ? À quelle question scientifique ou hypothèse le service de santé souhaite-t-il apporter une réponse ?

Q3 – En quoi le rapport de séquençage du génome entier vous sera-t-il utile ?

a) Quel sera son impact sur la gestion de l’épidémie ?

b) Cela conduira-t-il à une modification des procédures ou des politiques futures de gestion des épidémies ?

c) Ce rapport sera-t-il partagé avec des clients externes ?

Q4 – Cette affaire est-elle susceptible d’attirer l’attention des médias ?

**Il est également important que les sites nous indiquent si les isolats soumis font partie d’un foyer épidémique en cours et qu’ils fournissent les numéros du LNM, le cas échéant (par exemple N24-0001), pour les isolats antérieurs dont l’inclusion dans les rapports est demandée. Si vous cochez la case « urgent » sur notre formulaire de demande, nous assurerons le suivi. Les délais d’exécution du séquençage du génome peuvent varier en fonction de multiples facteurs ; il est donc important pour nous de connaître le degré d’urgence.

**Nous n’acceptons que les demandes de séquençage du génome entier (SGE) dans le cadre d’enquêtes sur des épidémies et de la détection de résistances aux antimicrobiens (RAM) nouvelles ou émergentes. À l’heure actuelle, nous ne disposons pas des capacités nécessaires pour assurer une surveillance passive basée sur le SGE par l’intermédiaire de l’Unité des services de référence de RAIN. L’Unité RAM et infections nosocomiales de RAIN fait partie de plusieurs réseaux de surveillance ; si vous souhaitez obtenir davantage d’informations en matière de surveillance, veuillez contacter nml.arni-rain.lnm@phac-aspc.gc.ca.

Formulaire de demande « Résistance aux antimicrobiens et infections nosocomiales » dûment rempli, indiquant clairement le motif du séquençage du génome complet (épidémie ou résistance aux antimicrobiens nouvelle ou émergente). Les établissements sont encouragés à fournir des données de sensibilité aux antimicrobiens ou des données phénotypiques pour tout cas de résistance aux antimicrobiens nouvelle ou émergente. Des informations détaillées sur votre épidémie peuvent être utiles pour l’interprétation des données. Ces informations peuvent inclure le type d’échantillon, la date d’isolement ou la source du cas (par exemple, échantillon clinique ou environnemental) et doivent figurer dans la demande d’analyse.

Avant de demander une analyse, veuillez communiquer avec le laboratoire à l’adresse nml.arni-rain.lnm@phac-aspc.gc.ca.

Peut inclure la phylogénétique et la détection de la RAM. Les tests suivants peuvent être réalisés après consultation du laboratoire demandeur et du laboratoire national de référence (LNM), lorsque ces tests sont jugés appropriés :

Analyse des variants nucléotidiques simples (SNV) du génome complet

Détection de la RAM

MLST

cgMLST

21 jours civils. Remarque : les délais d'exécution peuvent varier selon les cas.

Méthodes internes.

1. Petkau A, Mabon P, Siefffert C et al. SNVphyl: a single nucleotide variant phylogenomics pipeline for microbial genomic epidemiology. Microb Genom 2017;3:e000116.
2. Bharat A, Petkau A, Avery BP, et al. Correlation between Phenotypic and In Silico Detection of Antimicrobial Resistance in Salmonella enterica in Canada Using Staramr. Microorganisms. 2022; 10(2):292. https://doi.org/10.3390/microorganisms10020292
3. Alcock BP, Huynh W, Chalil R, et al. CARD 2023: expanded curation, support for machine learning, and resistome prediction at the Comprehensive Antibiotic Resistance Database. Nucleic Acids Res. 2023 Jan 6;51(D1):D690-D699. doi: 10.1093/nar/gkac920. PMID: 36263822; PMCID: PMC9825576.