Identification

Identification et sérotypage des espèces suspectées d'être des Salmonella.

Isolat provenant d’urine, de selles, de sang, de l’environnement, d’aliments ou d’autres sources.

Isolat fourni sur un milieu de culture approprié présentant une croissance visible. Les échantillons peuvent également être soumis à l’état congelé, à condition d’être expédiés dans un milieu approprié permettant de les conserver pendant le transport.

Envoyer sous forme de culture sur un milieu de culture approprié ou dans un milieu de transport approprié. Les échantillons congelés doivent être expédiés sur de la glace carbonique ou par une autre méthode garantissant qu’ils restent congelés. Le récipient de culture doit être étanche ou scellé de manière appropriée.

L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.

Gastro-entérite, septicémie, infection, autre.

Formulaire de requête des maladies entériques dûment rempli.

S/O

Identification moléculaire :
(Primaire) Prédiction du sérotype in silico (SISTR)*
(Alternative) D'autres méthodologies basées sur le séquençage du génome entier peuvent être appliquées (non accréditées selon la norme ISO/IEC 17025 à l'heure actuelle)

Identification phénotypique :
(Secondaire) Biotypage - tests d'utilisation de substrats biochimiques
(Secondaire) Sérotypage* - Test d'agglutination sérique

*Remarque : La méthode principale pour les Salmonella envoyées à des fins d'identification est le séquençage du génome complet et la prédiction du sérotype in silico (SISTR). Si l'isolat a déjà été séquencé, veuillez indiquer le numéro d'échantillon IRIDA Next et vous assurer que le test de sérotypage traditionnel est sélectionné sur le formulaire de demande pour les maladies entériques.

Pour les échantillons de diagnostic clinique ou liés à une épidémie* : 28 jours calendaires.

Pour les échantillons de surveillance ou de recherche* : 3 mois

* Veuillez indiquer sur la demande si l'identification est destinée i) à un diagnostic clinique ou à une épidémie OU ii) à une application de surveillance ou de recherche. Les délais d'exécution pour les isolats de routine peuvent être prolongés en cas d'épidémies alimentaires majeures ou en raison d'une disponibilité limitée des ressources

Veuillez noter que pour les organismes à croissance lente ou difficile, la communication des résultats peut être retardée au-delà des délais d'exécution indiqués.

1. Murray, P.R., Baron, E.J., Jorgensen, J.H., Pfaller, M.A., Yolken, R.H., Manual of Clinical Microbiology. 2003. ASM Press. Washington, DC. USA
2. Yoshida CE, Kruczkiewicz P, Laing CR, Lingohr EJ, Gannon VPJ, Nash JHE, et al. (2016) The Salmonella In Silico Typing Resource (SISTR): An Open Web-Accessible Tool for Rapidly Typing and Subtyping Draft Salmonella Genome Assemblies. PLoS ONE 11(1): e0147101.https://doi.org/10.1371/journal.pone.0147101