Identification des espèces des mycobactéries non tuberculeuses (MNT)

L’identification des espèces des mycobactéries non tuberculeuses (MNT) d’après le «LPSN» (List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature, auteur: J.P. Euzeby). Le test est effectué en utilisant une combinaison de spectrométrie de masse à temps de vol à désorption-ionisation par impact laser assistée par matrice (SM TOF MALDI)* et/ou de cibles moléculaires basées sur les séquences.

La croissance sur milieu solide ou sous forme liquide de la culture pure.  

• Pour la croissance sur milieu solide les colonies isolées sur milieu en boîte de Pétri. 
• Pour les cultures sous forme liquide, un volume minimum de 4 mL de culture en croissance active
• La croissance des espèces de Mycobacterium à croissance lente doit être visible et ne doit pas dépasser l’âge de 4 semaines.
• La croissance des espèces de Mycobacterium à croissance rapide doit être visible et ne doit pas dépasser l’âge de 10 jours.
• Les cultures ayant une croissance inadéquate, qui faisant l’objet d’une contamination, ou qui comprenant plus d’une espèce de Mycobacteriumne seront pas traitées et une nouvelle culture sera demandée.

S/O

Expédier toutes les cultures à température ambiante (NE PAS congeler) pour livraison le lendemain, et avant le mercredi de chaque semaine pour s'assurer qu'elles soient livrées au plus tard le vendredi.

L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.

Néant

La notification de l'envoi d'échantillons doit être envoyée par courriel ou par télécopieur avant l'expédition des isolats. Une requête adressée au CNRM doit être remplie et signée par le superviseur ou son représentant du laboratoire provincial ou territorial qui effectue l'envoi. Elle doit inclure la source de l'échantillon, le sexe du patient, la date de naissance, les antécédents cliniques, l'identifiant du laboratoire qui effectue l'envoi et les coordonnées de l'expéditeur. Veuillez également inclure les caractéristiques de l'isolat : microscopie, pigmentation, caractéristiques de culture, taux de croissance/température et autres informations d'identification. Les tests demandés pour les envois urgents doivent être accompagnés d'une justification. Le CNRM fournira les résultats au laboratoire provincial/territorial qui a effectué l'envoi, lequel sera ensuite chargé de les transmettre au laboratoire local ou au médecin concerné.

Les cultures seront rejetées si les documents nécessaires sont incomplets ou manquants.

L’identification des espèces sera déterminée principalement au moyen d’un appareil MALDI-TOF. Le séquençage des fragments du gène hsp65 ou du gène de l’ARNr 16S pourrait être utilisé pour approfondir la différenciation ou confirmer une identification présentée, selon les besoins.  L’identification se fera par une comparaison des données aux bases de données dont la qualité est contrôlée à l’interne.  S’il est déterminé que l’isolat appartient au complexe Mycobacterium tuberculosis, il fera automatiquement l’objet d’une différenciation moléculaire visant à établir son espèce.

Tests courants avec mise en culture : 10 jours civils à partir de la date de réception de l'échantillon.

1. Turenne CY, Tschetter L, Wolfe J, Kabani A. (2001) Necessity of quality-controlled 16S rRNA gene sequence databases: identifying nontuberculous Mycobacterium species. J Clin Microbiol. 39:3637-48.
2. Brunello F, Ligozzi M, Cristelli E, Bonora S, Tortoli E, and Fontana R. (2001) Identification of 54 mycobacterial species by PCR-restriction fragment length polymorphism analysis of the hsp65 gene. J. Clin. Microbiol. 39:2799-2806.