Génotypage
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Formulaires de demande
Détails de la référence
Génotypage des échantillons dans lesquels le virus de la rougeole a été détecté par RT-PCR.
- Rougeole
- Panencéphalite sclérosante subaiguë (PESS)
Urine, écouvillonnage nasopharyngé, écouvillonnage de gorge. Tous les échantillons doivent être prélevés le plus tôt possible après le début de l’éruption cutanée (dans les 7 jours). Des isolats viraux peuvent aussi être expédiés. Il faut déjà avoir déterminé par RT-PCR que les échantillons renferment le virus de la rougeole. (Les échantillons transmis au LNM pour la détection de la rougeole par RT-PCR feront automatiquement l’objet d’un génotypage s’ils s’avèrent positifs.)
Veuillez vous reporter à la fiche d’information concernant la détection moléculaire du virus de la rougeole (la présence du virus de la rougeole dans les échantillons devrait déjà avoir été confirmée par RT-PCR).
Expédiez au moins 0,5 mL d’un échantillon original ou d’un isolat viral congelé (-70 °C) sur de la glace sèche.
L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.
Cas confirmé de rougeole (par RT-PCR). Dans les cas de vaccination récente, chez les enfants de un an et/ou pour les réactions post-vaccination présumées, une RT-qPCR ciblant de façon spécifique le virus vaccinal sera réalisée.
Requête d’analyse pour la rougeole, les oreillons et la rubéole complétée. Indiquer la date de l’apparition de l’éruption cutanée, la date de la dernière vaccination contre la rougeole (si récent), les antécédents de voyage, numéro de cas et/ou l’identifiant MARS (dans l’application de surveillance de la rougeole et de la rubéole [MARS] du RCRSP), selon les renseignements disponibles. Pour les réactions post-vaccination présumées, choisir « Génotypage –vaccin contre la rougeole soupçonné » sur la demande, et indiquer la date de vaccination.
Les laboratoires qui effectuent leurs propres analyses RT-PCR rougeole devraient soumettre les échantillons positifs pour fins de surveillance du génotypage. Il est important de fournir les antécédents complets du patient (y compris les voyages). Le LNM est un laboratoire de référence régional agréé de l’OMS/OPS pour la rougeole et la rubéole. D’autres régions ou le génome entier peuvent être séquencés aux fins d’une surveillance accrue de la rougeole (6). Les séquences virales (gène H et/ou N-450) seront versées dans la base de données sur les séquences nucléotidiques du virus de la rougeole de l’OMS (MeaNS) (3) et peuvent être publiées dans GenBank.
Le génotypage du virus de la rougeole a été normalisé par l’OMS (2,3). Le gène entier de l’hémagglutinine (H), et/ou une partie du gène de la nucléoprotéine (N) (le gène N-450), est amplifié par RT-PCR classique, puis séquencé en vue de la détermination du génotype du virus (4). Pour les cas de réactions post-vaccination présumées, on procède à une RT-qPCR ciblant de façon spécifique le virus vaccinal (MeVA) (5), conjointement à une RT-qPCR de détection du virus général de la rougeole. Un résultat positif pour le virus de la rougeole de génotype A (MeVA) confirme la présence du virus vaccinal; aucun autre génotypage n’est nécessaire. Un résultat négatif pour le virus de la rougeole de génotype A (MeVA), accompagné d’un résultat positif à une RT-qPCR générale, concorde avec la présence d’un virus non vaccinal; le génotype est déterminé par séquençage.
21 jours civils. Des analyses STAT seront effectuées sur demande.
Remarque : Durant les éclosions de rougeole, la communication des résultats du génotypage peut être retardée. Il est possible qu’on doive trier les échantillons et traiter en priorité les cas attribuables à un virus nouvellement importé, ou potentiellement dus à un vaccin, au détriment des cas liés à l’éclosion d’un génotype déjà connu. Veuillez communiquer avec le laboratoire pour toute demande d’information urgente.
- Measles and Rubella Elimination Working Group, Health Canada, Public Health Agency of Canada. Guidelines for the prevention and control of measles outbreaks in Canada. CCDR. 2013; 39:ACS-3. Available at http://www.phac-aspc.gc.ca/publicat/ccdr-rmtc/13vol39/acs-dcc-3/index-eng.php#appa.
- WHO. Standardization of the nomenclature for describing the genetic characteristics of wild-type measles viruses. WER. 1998;73:265.
- Mulders M, Rota P, Brown K, Goodson J. Genetic diversity of wild-type measles viruses and the global measles nucleotide surveillance database (MeaNS). WER. 2015;90(30):373.
- Hiebert J, Severini A. Measles molecular epidemiology: What does it tell us and why is it important? CCDR 2014;40(12):257.
- Roy F, Mendoza L, Hiebert J, McNall R, Bankamp B, Connolly S, Lüdde A, Friedrich N, Mankertz A, Rota P, Severini A. Rapid identification of measles virus vaccine genotypes by real time PCR. J Clin Microbiol. 2016 Nov 16.
- WHO. The role of extended and whole genome sequencing for tracking transmission of measles and rubella viruses: report from the Global Measles and Rubella Laboratory Network meeting, 2017. WER. 2018;93(6):55.
- WHO. Manual for the Laboratory-based Surveillance of Measles, Rubella, and Congenital Rubella Syndrome. Third edition, June 2018. Available at https://www.technet-21.org/en/topics/laboratory-measles-rubella-manual