Identification

Identification et sérotypage d'Escherichia coli suspecté.

Isolat provenant d’urine, de selles, de sang, de l’environnement, d’aliments ou d’autres sources.

Isolat fourni sur un milieu de culture approprié présentant une croissance visible. Les échantillons peuvent également être envoyés congelés, à condition d’être expédiés dans un milieu approprié permettant leur survie pendant le transport.

Envoyer sous forme de culture sur un milieu de culture approprié ou dans un milieu de transport approprié. Les échantillons congelés doivent être expédiés sur de la glace carbonique ou par une autre méthode garantissant qu’ils restent congelés. Le récipient de culture doit être étanche ou scellé de manière appropriée.

L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.

Gastro-entérite, septicémie, infection, autre.

Formulaire de demande pour les maladies entériques dûment rempli.

S/O

Identification moléculaire (Primaire) :
Prédiction du sérotype in silico (ECTyper)*
(Alternative) D'autres méthodologies basées sur le séquençage du génome entier peuvent être appliquées (non accréditées selon la norme ISO/IEC 17025 à l'heure actuelle)

Identification phénotypique :
(Secondaire) Biotypage – tests d'utilisation de substrats biochimiques
(Secondaire) Sérotypage* - Test d'agglutination sérique

*Remarque : La méthode principale pour l'identification d'E. coli est le séquençage du génome entier et la prédiction du sérotype in silico (ECTyper). Si l'isolat a déjà été séquencé, veuillez fournir le numéro d'échantillon IRIDA Next et vous assurer que le test de sérotypage traditionnel est sélectionné sur le formulaire de demande pour les maladies entériques.

Pour les échantillons de diagnostic clinique ou liés à une épidémie* : 28 jours calendaires

Pour les échantillons de surveillance ou de recherche* : 3 mois

*Veuillez indiquer sur la demande si l'identification est destinée i) à un diagnostic clinique ou à une épidémie OU ii) à la surveillance ou à la recherche. Les délais d'exécution pour les isolats de routine peuvent être prolongés en cas d'épidémie alimentaire majeure ou en raison d'une disponibilité limitée des ressources.

Veuillez noter que pour les organismes à croissance lente ou en difficulté, la communication des résultats peut être retardée au-delà des délais d'exécution indiqués.

1. Bessonov K, Laing C, Robertson J, Yong I, Ziebell K, Gannon VPJ, Nichani A, Arya G, Nash JHE, Christianson S. ECTyper: in silico Escherichia coli serotype and species prediction from raw and assembled whole-genome sequence data. Microb Genom. 2021 Dec;7(12):000728. doi: 10.1099/mgen.0.000728. PMID: 34860150; PMCID: PMC8767331.
2. Murray, P.R., Baron, E.J., Jorgensen, J.H., Pfaller, M.A., Yolken, R.H., Manual of Clinical Microbiology. 2003. ASM Press. Washington, DC. USA
3. Gross RJ, Rowe B. The serotyping of Escherichia coli In: Sussman M, ed. The Virulence of Escherichia coli: Reviews and Methods. London: Society for General Microbiology, Academic Press, 1985:345-63