Détection moléculaire par PCR à partir de matériel clinique

Détection moléculaire de Chlamydia psittaci par PCR.

Lavage bronchoalvéolaire, aspirat nasopharyngé ou écouvillon de la gorge. Il est également possible d’analyser des échantillons d’expectorations et de liquide céphalorachidien, mais ce type d’échantillon n’est pas idéal. Il est important de noter que les échantillons de culture pure NE SERONT PAS acceptés puisqu’ils doivent être manipulés dans des zones de confinement de niveau 3.  Le sérum et les écouvillons secs ne seront pas acceptés à des fins d’analyse.  Les écouvillons doivent toujours être envoyés dans le milieu de conservation approprié. Fournir au moins 1,0 ml d’échantillon liquide.  Tous les échantillons devraient, de préférence, être envoyés dans des tubes à bouchon vissé faits de plastique résistant aux chocs et à la congélation-décongélation.

Suivre les méthodes d’échantillonnage aseptique normalisées au moment du prélèvement des échantillons et veiller à ce que le matériel clinique soit placé dans le milieu de conservation approprié.

Le laboratoire expéditeur n’a aucun traitement supplémentaire à effectuer lorsque les échantillons sont prélevés selon les directives énoncées ci-dessus. Il est préférable de congeler les échantillons immédiatement après leur prélèvement. Si c’est impossible, ils doivent être conservés à une température de réfrigération (2 °C à 8 °C).  Veiller à ce que les échantillons soient maintenus à la bonne température durant leur expédition au LNM (p. ex. les échantillons congelés doivent être expédiés sur de la glace sèche et les échantillons réfrigérés sur des blocs réfrigérants).

L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.

Le patient doit avoir eu un contact récent avec un oiseau ou un cheval infecté et présenter des symptômes de C. psittaci ou de « psittacose ». Les échantillons provenant de patients atteints d'un lymphome MALT seront également acceptés.

Requête pour l’élaboration d’épreuves et diagnostic – microbiologie médicolégale dûment remplie, comprenant tous les renseignements relatifs au patient ainsi que les informations cliniques et d’exposition pertinentes.

Les échantillons ne comportant pas d’antécédents médicaux et d’informations d’exposition adéquats et ne répondant pas aux critères de test seront rejetés.

L’ADN est extrait à l’aide d’une trousse disponible sur le marché. Les résultats sont basés sur une épreuve de PCR en temps réel ciblant le locus marqueur CPSIT_RS1985 de C. psittaci. Les échantillons qui génèrent un résultat positif sont soumis à une épreuve de PCR classique ciblant le gène de l’ARNr 23S de la famille Chlamydiaceae, suivie d’une analyse de la séquence du gène.

10 jours civils.  Il est important de noter que lorsqu’un grand nombre d’échantillons est reçu ou lorsque des tests doivent être répétés, le délai d’exécution peut être plus long.

1. Peeling R. and Brunham R. 1996. Chlamydiae as Pathogens: New Species and New Issues. Emerg. Inf. Dis.; 2(4):307-319.
2. Vanrompay D., Ducatelle R., Haesebrouck F. 1995. Chlamydia psittaci infections: A review with emphasis on avian chlamydiosis. Vet. Micro.;45:93-119.
3. Polkinghorne A. and Greub G. 2017. A new equine and zoonotic threat emerges from an old avian pathogen, Chlamydia psittaci. Clin Microbiol Infect.; 23(10):693-694
4. Wolff, B. J., Morrison, S. S., & Winchell, J. M. 2018. Development of a multiplex TaqMan real-time PCR assay for the detection of Chlamydia psittaci and Chlamydia pneumoniae in human clinical specimens. Diagnostic Microbiology and Infectious Disease, 90(3), 167-170.