Identification

Identification des organismes de type Campylobacter (y compris Arcobacter et Helicobacter spp.)

Isolat (culture pure) provenant d’urine, de selles, de sang, de sources environnementales, d’aliments ou d’autres sources.

Isolat fourni sur un milieu de culture approprié avec croissance visible. Les échantillons peuvent également être soumis congelés, à condition d’être expédiés dans un milieu approprié permettant leur survie durant le transport.

Les isolats présumés de Campylobacter (et espèces apparentées) doivent être placés dans un milieu de transport (milieu CB modifié ou milieu de transport Amies avec charbon) et expédiés sur glace pendant la nuit, ou sous forme de bouillon congelé (contenant du glycérol) sur glace sèche. Les isolats transportés dans un bouillon sans glycérol ne doivent pas être congelés ni entrer en contact direct avec des blocs réfrigérants. Les isolats cultivés sur milieu solide (cultures en boîte) doivent être récemment ensemencés et incubés dans un environnement microaérophile pendant 18 à 24 heures avant l’expédition. L’expédition sur milieu solide n’est pas recommandée en raison de la diminution de la viabilité lors de transports prolongés ou de retards imprévus.

L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.

Gastro-entérite, septicémie, infection, ulcération ou autres symptômes compatibles avec une infection bactérienne.

Formulaire de requête des maladies entériques dûment rempli.

S/O

MALDI-TOF MS (biotypage Bruker) : Les résultats MALDI-TOF sont analysés à l’aide de la base de données la plus récente du système Bruker Biotyper (ou d’une base de données interne complémentaire).
(Non accrédité selon la norme ISO/IEC 17025 pour le moment)

Séquençage du gène de l’ARNr 16S : Les séquences sont comparées aux bases de données publiques de référence (NCBI GenBank) et regroupées (p. ex. à l’aide du logiciel BioNumerics ou d’autres outils).

Identification par PCR : Pour C. jejuni, C. coli et C. fetus.

Méthodes alternatives pouvant être utilisées :
-identification phénotypique
-méthodes fondées sur le séquençage du génome entier
(Non accrédité selon la norme ISO/IEC 17025 pour le moment)

Pour toute question concernant l’interprétation des résultats, veuillez communiquer avec le laboratoire aux coordonnées ci-dessous.

Pour les échantillons cliniques diagnostiques ou d’éclosion* : 28 jours civils

Pour les échantillons de surveillance ou de recherche* : 6 mois

*Veuillez indiquer sur le formulaire si l’identification concerne : i) un diagnostic clinique ou une éclosion OU ii) une activité de surveillance ou de recherche.

Veuillez noter que pour les organismes à croissance lente ou difficile, les délais peuvent dépasser ceux indiqués ci-dessus.

1. PCR detection, identification to species level, and fingerprinting of Campylobacter jejuni and Campylobacter coli direct from diarrheic samples. Linton et. al. 1997. J Clin Microbiol. Oct; 35(10): 2568–2572
2. Evaluation of a PCR Assay for Identification and Differentiation of Campylobacter fetus subspecies. Hum et. al. 1997. Aust Vet J. 75:827-831
3. Minimal standards for describing new species belonging to the families Campylobacteraceae and Helicobacteraceae: Campylobacter, Arcobacter, Helicobacter and Wolinella spp. On, et. al., 2017. Int J Syst Evol Microbiol. Dec;67(12):5296-5311.
4. Gorkiewicz G, Feierl G, Schober C, Dieber F, Köfer J, Zechner R, Zechner EL. Species-specific identification of campylobacters by partial 16S rRNA gene sequencing. J Clin Microbiol. 2003 Jun;41(6):2537-46. doi: 10.1128/JCM.41.6.2537-2546.2003. PMID: 12791878; PMCID: PMC156541.
5. Zhou G, Gu Y, Wang H, Chen X, Zhang X, Shao Z, Yan X, Zhang J, Zhang M. Genomic diversity and taxonomic marker for Arcobacter species. Front Microbiol. 2023 Oct 10;14:1278268. doi: 10.3389/fmicb.2023.1278268. PMID: 37881248; PMCID: PMC10594997.