Séquençage du Génome Entier (WGS) et polymorphismes mononucléotidiques (SNP)

Approche multidimensionnelle du typage moléculaire des souches de Bacillus anthracis.

Test WGS : Typage moléculaire des souches de Bacillus anthracis au moyen de données de séquençage du génome entier.

Test SNP : Typage moléculaire des souches de Bacillus anthracis afin de déterminer les variations génétiques entre les membres d’une espèce au moyen de polymorphismes mononucléotidiques.

Culture pure

Culture bactérienne pure – plaque ou écouvillon

Entreposer les cultures bactériennes au réfrigérateur jusqu'à ce qu'elles soient expédiées aux fins de test.

L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.

Infection confirmée à Bacillus anthracis

Requête pour l’élaboration d’épreuves et diagnostic – microbiologie médicolégale complétée incluant le nom, l’adresse et le numéro de téléphone de l’expéditeur.  Nom ou identifiant du patient (no du laboratoire demandeur), date de naissance, exposition présumée, test(s) demandé(s), antécédents cliniques, antécédents de voyage, type d’échantillon et date de prélèvement.

S/O

Analyse par SGE : Les relations phylogénétiques et les sous-types des souches sont déterminés à l'aide de données de séquençage du génome entier (SGE), sur la base de variants d'une seule paire de bases (SNV) situés à des emplacements génomiques spécifiques.

Analyse SNP : Le profil SNP spécifique à l'espèce est déterminé par PCR en temps réel et/ou à partir de données SGE, puis comparé à celui de souches témoins.

14 jours civils pour un résultat final.

1. Keim, P. 2008 Real-Time PCR, plcR and Canonical SNP Genotyping of Bacillus anthracis.Northern Arizona University. Guidelines and Standard operating Procedures for Forensic Analysis. V04.29.08
2. Van Ert MN, et al. 2007. Global Genetic Population Structure of Bacillus anthracis. PLoS ONE. 2(5): e461.
3. Petkau, A, et al. 2017. SNVPhyl: A Single Nucleotide Variant Phylogenomics Pipeline for Microbial Genomic Epidemiology. Microb Genom, Jun 8;3(6):e000116. doi: 10.1099/mgen.0.000116
4. Tyler AD, et al. 2018. Evaluation of Oxford Nanopore's MinION Sequencing Device for Microbial Whole Genome Sequencing Applications. Sci Rep. Jul 19;8(1):10931.