Cryptosporidium spp. Identification, Quantification et Génotypage

Identification, quantification et génotypage de Cryptosporidium spp.

Échantillon de selles humaines contenant du Cryptosporidium

L'échantillon de selles humaines peut être frais ou conservé dans un milieu de transport tel que le Cary-Blair. Les échantillons conservés dans des fixateurs contenant du formol, tels que le SAF, ne sont pas acceptés.

Les échantillons doivent être placés dans un contenant étanche, le numéro d’échantillon devant figurer sur le tube, et toute information permettant d’identifier le patient doit avoir été retirée. La quantité minimale recommandée est de 1 gramme. Les échantillons peuvent être congelés dans de la glace sèche ou réfrigérés dans de la glace mouillée. Il faut éviter autant que possible les cycles répétés de congélation-décongélation.

L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.

Diarrhée aqueuse, fatigue, anorexie, myalgies, perte de poids, douleurs abdominales, fièvre légère, nausées et vomissements.

Formulaire de requête de l’Unité de génomique parasitaire dûment rempli.

Les échantillons conservés dans des fixateurs contenant du formol, tels que le SAF, ne sont pas acceptés.

Caractérisation moléculaire par PCR séquençage de l’ADN(1) Quantification moléculaire par qPCR (1, 2, 3)

Génotypage à l’aide de l’outil bioinformatique CryptoGenotyper (4) pour l’identification de l’espèce et du sous-type gp60.

1. Molecular genotyping method as per: Guy RA, Yanta CA, Muchaal PK, et al. Molecular characterization of Cryptosporidium isolates from humans in Ontario, Canada. Parasites Vectors (2021) 14 69. doi: 10.1186/s13071-020-04546-9
2. qPCR - C. parvum and C. hominis as per: Robinson G, Chalmers RM. Assessment of polymorphic genetic markers for multi-locus typing of Cryptosporidium parvum and Cryptosporidium hominis. Experimental Parasitology 2012 132:200–215. doi: 10.1016/j.exppara.2012.06.016.
3. qPCR - Cryptosporidium spp. modified from: Stroup SE, Roy S, Mchele J, Maro V, Ntabaguzi S, Siddique A, Kang G, Guerrant RL, Kirkpatrick BD, Fayer R, Herbein J, Ward H, Haque R, Houpt ER. Real-time PCR detection and speciation of Cryptosporidium infection using Scorpion probes. J Med Microbiol. 2006 Sep;55(Pt 9):1217-1222. doi: 10.1099/jmm.0.46678-0.
4. In silico genotyping as per: Yanta CA, Bessonov K, Robinson G, Troell K, Guy RA. CryptoGenotyper: A new bioinformatics tool for rapid Cryptosporidium identification. Food Waterborne Parasitol. 2021 Feb 26;23:e00115. doi: 10.1016/j.fawpar.2021.e00115.

7 jours calendaires. Remarque : les délais d'exécution pour les isolats de routine peuvent être prolongés en cas d'épidémies ou en raison d'une disponibilité limitée des ressources.