Cyclospora spp. Identification et génotypage

Identification et génotypage de Cyclospora spp.

Échantillon de selles humaines ou biopsie intestinale

L'échantillon de selles humaines peut être frais ou conservé dans un milieu de transport tel que le Cary-Blair. Les échantillons conservés dans des fixateurs contenant du formol, tels que le SAF, ne sont pas acceptés.

Les échantillons doivent être placés dans un contenant étanche, le numéro d’échantillon devant figurer sur le tube, et toute information permettant d’identifier le patient doit avoir été retirée. La quantité minimale recommandée est de 1 gramme. Les échantillons peuvent être congelés dans de la glace sèche ou réfrigérés dans de la glace mouillée. Il faut éviter autant que possible les cycles répétés de congélation-décongélation. Les prélèvements fécaux à l’aide d’un écouvillon sont acceptés, mais le génotypage peut s’avérer moins efficace avec cette méthode.

L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.

Gastro-entérite, diarrhée aqueuse (symptôme le plus courant), perte de poids, douleurs abdominales, ballonnements et gaz, nausées, et/ou légère fièvre.

Formulaire de requête de l’Unité de génomique parasitaire dûment rempli.

Les échantillons conservés dans des fixateurs contenant du formol, tels que le SAF, ne sont pas acceptés.

Identification moléculaire par PCR (1) Caractérisation moléculaire par PCR, séquençage de l’ADN et regroupement en grappes (2)

1. Identification PCR as per: Balan KV, Mammel M, Lipman D, Babu U, Harrison LM, Almeria S, Durigan M, Leonard SR, Jang H, Gebru S, Grocholl J, Trujillo S, Hiett KL, Musser S. Development and Single Laboratory Evaluation of a Refined and specific Real-time PCR Detection Method, Using Mitochondrial Primers (Mit1C), for the Detection of Cyclospora cayetanensis in Produce. J Food Prot. 2023 Feb;86(2):100037. doi: 10.1016/j.jfp.2022.100037.
2. Genotyping and clustering methods as per: Nascimento FS, Barratt J, Houghton K, Plucinski M, Kelley J, Casillas S, Bennett CC, Snider C, Tuladhar R, Zhang J, Clemons B, Madison-Antenucci S, Russell A, Cebelinski E, Haan J, Robinson T, Arrowood MJ, Talundzic E, Bradbury RS, Qvarnstrom Y. Evaluation of an ensemble-based distance statistic for clustering MLST datasets using epidemiologically defined clusters of cyclosporiasis. Epidemiol Infect. 2020 Aug 3;148:e172. doi: 10.1017/S0950268820001697

14 jours calendaires. Remarque : les délais d'exécution pour les isolats de routine peuvent être prolongés en cas d'épidémies ou en raison d'une disponibilité limitée des ressources.