Génotypage de la résistance antivirale

Génotypage de la résistance antivirale du virus varicelle-zona (VVZ).

Écouvillon de lésion 1 ml (0,5 ml minimum), liquide vésiculaire 1 ml (0,5 ml minimum), LCR 1 ml (0,5 ml minimum), sang total 1 ml (0,5 ml minimum) ou plasma 1 ml (0,5 ml minimum). Des cultures virales de 1 ml (0,5 ml minimum) peuvent également être envoyées. Le volume minimum ne permettra pas de répéter les tests sur les échantillons dont les résultats sont indéterminés. Il faut s’assurer que les échantillons sont positifs au test PCR pour le virus varicelle-zona (VVZ) avant de les envoyer.

Pour les écouvillons de lésions, placez les écouvillons dans 2 à 3 ml de milieu de transport viral (VTM) pendant au moins 1 heure, puis retirez l'écouvillon. Pour le liquide vésiculaire, aspirez le liquide d'une vésicule fraîche et intacte et mélangez-le avec au moins 200 µl de VTM. Pour le plasma, prélevez le sang dans un tube de préparation de plasma (PPT) ou un tube K2EDTA (en plastique ; bouchon lavande ou rose). N'utilisez pas d'héparine comme anticoagulant. Centrifugez le tube à température ambiante à 1 100 RCF pendant 10 à 15 minutes pour séparer le sang. Transvasez le plasma dans un tube séparé. Prélevez le LCR dans un tube sec, dans le respect des conditions classiques de réalisation d'une ponction lombaire. Pour les cultures virales, prélevez les cellules infectées et le milieu de culture.

Ne congelez pas le sang total ; conservez-le et expédiez-le réfrigéré dans les 48 heures suivant le prélèvement. Le plasma, le LCR, les prélèvements par écouvillonnage des lésions et les échantillons de liquides peuvent être conservés et expédiés réfrigérés au NML dans les 48 heures suivant le prélèvement ou doivent être conservés et expédiés congelés. Les cultures virales doivent être conservées congelées en permanence et expédiées sur de la glace carbonique.

L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.

Suspicion de virus varicelle-zona résistant aux antiviraux, caractérisée par l'absence d'amélioration (ou une récidive) des lésions. Le virus varicelle-zona (VVZ) résistant aux médicaments est plus fréquemment isolé chez les patients immunodéprimés. (1).

Résultats de la PCR du virus varicelle-zona (VVZ) incluant le nombre de copies de la charge virale. Indiquez la date de la vaccination contre le VVZ et la date d'apparition de l'éruption cutanée. Formulaire de demande « Infections sexuellement transmissibles et opportunistes » dûment rempli, comprenant le nom, l'adresse et le numéro de téléphone du laboratoire expéditeur, l'identifiant du patient, sa date de naissance ou son âge et son sexe, le numéro de référence de l'échantillon, le type d'échantillon, la date de prélèvement, le test demandé et toute autre information clinique pertinente.

DEMANDE SPÉCIALE UNIQUEMENT. Contactez le laboratoire avant d’envoyer les échantillons. L’échantillon doit être positif pour l’ADN du virus varicelle-zona (VVZ) et les résultats doivent être joints au formulaire de demande.

Les régions de la polymérase (ORF28) (3) et de la thymidine kinase (ORF36) qui comportent des mutations connues de résistance à l'acyclovir et aux antiviraux dérivés sont amplifiées par PCR et séquencées par séquençage Sanger. Les données de séquence sont analysées et comparées aux séquences de référence de type sauvage, et les mutations et/ou les décalages de cadre sont identifiés. La base de données VZV des mutations connues est limitée et repose sur des résultats publiés (1,2). Le test est réalisé, en partie, à l’aide d’un test développé en laboratoire qui n’a pas été entièrement validé/vérifié.

Veuillez noter qu’aucun test phénotypique n’est effectué. Interprétez les résultats avec prudence, car ce test est destiné uniquement à des fins de recherche.

Les tests sont effectués, en totalité ou en partie, au moyen d’une trousse d’analyse destinée à des fins de recherche seulement et qui n’a pas été entièrement validée ni vérifiée.

10 jours calendaires. Les échantillons urgents peuvent être pris en compte dans des circonstances particulières. Veuillez contacter le laboratoire avant d'envoyer les échantillons.

1. Sauerbrei A. Varicella-zoster virus infections - antiviral therapy and diagnosis. GMS Infect Dis. 2016 Feb 17;4:Doc01. doi: 10.3205/id000019. PMID: 30671315; PMCID: PMC6301744.
2. Andrei G, Topalis D, Fiten P, McGuigan C, Balzarini J, Opdenakker G, Snoeck R. In vitro-selected drug-resistant varicella-zoster virus mutants in the thymidine kinase and DNA polymerase genes yield novel phenotype-genotype associations and highlight differences between antiherpesvirus drugs. J Virol. 2012 Mar;86(5):2641-52. doi: 10.1128/JVI.06620-11. Epub 2011 Dec 21. PMID: 22190713; PMCID: PMC3302250.
3. Perrier M, Désiré N, Deback C, Agut H, Boutolleau D, Burrel S. Complementary assays for monitoring susceptibility of varicella-zoster virus resistance to antivirals. J Virol Methods. 2016 Jul;233:10-4. doi: 10.1016/j.jviromet.2016.03.006. Epub 2016 Mar 16. PMID: 26994966.