Détection des toxines et des gènes de virulence

Identification des toxines Shiga (STX) et d'autres facteurs de virulence dans des échantillons suspectés d'être contaminés par Escherichia coli et Shigella spp.

Isolat (culture pure) provenant d’urine, de selles, de sang, de l’environnement, d’aliments ou d’autres sources.

Isolat fourni sur un milieu de culture approprié présentant une croissance visible. Les échantillons peuvent également être envoyés congelés, à condition qu’ils soient expédiés dans des milieux appropriés permettant leur survie pendant le transport.

Envoyez-les sous forme de culture sur un milieu de culture approprié ou dans un milieu de transport approprié. Les échantillons congelés doivent être expédiés sur de la glace carbonique ou par une autre méthode garantissant qu’ils restent congelés.

L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.

Gastro-entérite, septicémie, infection, autres.

Formulaire de requête des maladies entériques dûment rempli.

S/O

Analyses accréditées :

Tests par PCR ciblant :

• les gènes de la toxine Shiga (stx1 et stx2)
  • le sous-typage du gène stx2 (actuellement pour les sous-types stx2a à stx2g)
    
• les facteurs de virulence couramment associés :
  • eaeA, ehxA (pour les échantillons d’E. coli)
  • ipaH, ial (pour les échantillons de Shigella)

Tests non accrédités :

Des outils in silico permettant la détection des toxines d’E. coli et le sous-typage de stx2 sont disponibles pour les échantillons qui ne peuvent être analysés par des tests PCR accrédités et peuvent être utilisés au cas par cas.

Pour les échantillons destinés au diagnostic clinique ou liés à une épidémie* : 14 jours calendaires.

Pour les échantillons de surveillance ou de recherche* : 3 mois

*Veuillez indiquer sur la demande si l'identification est destinée i) au diagnostic clinique ou à une épidémie OU ii) à la surveillance ou à la recherche.

Veuillez noter que pour les organismes à croissance lente ou difficile, la communication des résultats peut être retardée au-delà des délais d'exécution indiqués.

1. Paton, A.W. and Paton, J. C. 1997. Detection and Characterization of Shiga Toxigenic Escherichia coli by using Multiplex PCR Assays for stx1, stx2, eaeA, Enterohemorrhagic E.coli hlyA, rfb0111, and rfb0157. J. of Clin. Micro. 36: 598 – 602.

2. Sethabutr, O. et al. 1993. Detection of Shigellae and Enteroinvasive Escherichia coli by Amplification of the Invasion Plasmid Antigen H DNA Sequence in Patients with Dysentery. J. of Infect. Dis. Jan 167; 458-461.