Séquençage du génome entier (SGE) **Examen des critères relatifs aux patients

Séquençage du génome entier des microorganismes à Gram-négatif.

Culture pure

Isolat fourni sur un milieu de culture approprié pour les microorganismes à Gram-négatif.

Expédier les cultures sur un milieu de culture ensemencé ou dans un milieu de transport. Le récipient de culture doit être étanche ou adéquatement scellé.

L’expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d’information sur la catégorisation des matières à des fins d’expédition, veuillez consulter la partie 2 de l’appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l’IATA sur les produits dangereux.

Bien vouloir communiquent avec nous (à l’adresse nml.arni-rain.lnm@phac-aspc.gc.ca ou au 204-789-5000) afin que nous puissions effectuer le triage de la charge de travail.

* Dans le cadre du triage, veuillez répondre aux questions suivantes lorsque vous demandez un soutien en cas d’éclosion :

Q1- S’agit-il d’un éclosion en cours ou d’une enquête à long terme sur des cas? (Délai raisonnable pour que les cas liés à l’éclosion soient examinés par l’établissement à l’aide de données épidémiologiques)

Q2- Quelle est la justification de la demande d’analyse génomique? À quelle question ou hypothèse scientifique le service de santé souhaite-t-il répondre?

Q3- En quoi le rapport de séquençage du génome complet (WGS) vous sera-t-il utile?

a)    Quel sera son impact sur la gestion de l’épidémie?

b)    Cela mènera-t-il à une modification des procédures ou des politiques futures de gestion des épidémies?

c)    Ce rapport sera-t-il partagé avec des clients externes?

Q4- Cette affaire est-elle susceptible d’attirer l’attention des médias?

*Il est également important que les centres nous fassent savoir si les isolats soumis concernent une éclosion en cours et qu’ils fournissent les numéros du LNM (ex. N24-0001), pour les isolats antérieurs demandés à être inclus dans les rapports. Si vous cochez la case urgent sur notre formulaire de demande, nous assurerons le suivi. Les délais d’exécution du SGE peuvent varier selon de nombreux facteurs; il est donc important pour nous de connaître le degré d’urgence des échantillons.

*Nous n’acceptons les demandes de SGE que pour les enquêtes sur les éclosions et pour la détection d’une RAM nouvelle ou émergente. À l’heure actuelle, nous ne sommes pas en mesure d’assurer une surveillance passive fondée sur le SGE par l’intermédiaire de l’Unité des services de référence de la RAIN. La section Résistance aux antimicrobiens et aux infections nosocomiales de la RAIN fait partie de plusieurs réseaux de surveillance. Pour de plus amples renseignements, veuillez envoyer un courriel à l’adresse nml.arni-rain.lnm@phac-aspc.gc.ca.

Requête d’analyse de la résistance aux antimicrobiens et des infections nosocomiales dûment remplie, indiquant clairement la raison du SGE (éclosion ou RAM nouvelle/émergente). Les centres sont invités à fournir des données sur la sensibilité antimicrobienne ou des données phénotypiques pour tout cas de RAM nouvelle/émergente. Des renseignements détaillés sur votre éclosion peuvent s’avérer utiles pour l’interprétation des données. Ces renseignements peuvent comprendre la date d’isolement de l’échantillon, type d’échantillon ou la provenance du cas (ex. échantillon clinique ou environnemental) et doivent être inclus dans la requête.

Avant de demander une analyse, veuillez communiquer avec le laboratoire à l’adresse nml.arni-rain.lnm@phac-aspc.gc.ca.

Peut inclure la phylogénétique et la détection de la RAM. Les tests suivants peuvent être effectués après consultation du laboratoire demandeur et du LNM lorsqu’il est jugé approprié de procéder : 

Détection de variants mononucléotidiques (SNV) dans le génome entier

Détection de la résistance aux antimicrobiens (RAM)

Nouveaux mécanismes de résistance (le cas échéant)

MLST

cgMLST

Détection des plasmides

21 jours civils. Remarque : le délai d’exécution peut varier selon le cas.

Méthodes internes

1. Petkau A, Mabon P, Siefffert C et al. SNVphyl: a single nucleotide variant phylogenomics pipeline for microbial genomic epidemiology. Microb Genom 2017;3:e000116.
2. Bharat A, Petkau A, Avery BP, et al. Correlation between Phenotypic and In Silico Detection of Antimicrobial Resistance in Salmonella enterica in Canada Using Staramr. Microorganisms. 2022; 10(2):292. https://doi.org/10.3390/microorganisms10020292
3. Alcock BP, Huynh W, Chalil R, et al. CARD 2023: expanded curation, support for machine learning, and resistome prediction at the Comprehensive Antibiotic Resistance Database. Nucleic Acids Res. 2023 Jan 6;51(D1):D690-D699. doi: 10.1093/nar/gkac920. PMID: 36263822; PMCID: PMC9825576.