Séquençage de nouvelle génération (SNG) du RCanGeCO

Formulaires de demande

Détails de la référence

Description:

Séquençage du génome entier du virus de SARS-CoV-2 (2019-nCoV)

Catégorie d'analyse:
Séquençage
Agent pathogène:
Virus de SARS-CoV-2
Infections et maladies:
  • Infections des voies respiratoires
  • COVID-19
Spécimen:

a)    Échantillons des voies respiratoires (écouvillonnage nasopharyngé ou de gorge).  Volume requis ≥ 0,5 mL. 

https://www.canada.ca/fr/sante-publique/services/agents-pathogenes-voies-respiratoires-emergents/protocole-enquete-microbiologique-concernant-infections-respiratoires-aigues-severes-iras.html

- OU -

b)    ARN total extrait de l’échantillon clinique.  Volume requis ≥ 40 μL

Méthode de prélèvement:

Utiliser des écouvillons stériles et prélevez un échantillon dans la cavité nasale, la gorge, etc. Placer les écouvillons dans 2 à 3 mLde milieu de transport viral.

Manipulation, entreposage et expédition des spécimens:

Garder les échantillons cliniques réfrigérés jusqu’à leur expédition en vue d’une analyse. Expédier sur glace sèche. Conserver les extraits d’ARN total congelés à -25 °C ou à -80°C. Expédier sur glace sèche.

Transport des marchandises dangereuses:

L'expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d'information sur la catégorisation des matières à des fins d'expédition, veuillez consulter la partie 2 de l'appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l'IATA sur les produits dangereux.

Pour obtenir des renseignements supplémentaires dans d’autres langues sur le transport de matières infectieuses, cliquez sur le lien ci-dessous.

http://www.who.int/ihr/capacity-strengthening/infectious-substances/fr/

Critères relatifs aux patients:

Résultat positif pour la COVID-19

Documents d'accompagnement:

Formulaire de demande de séquençage de nouvelle génération (SNG) RCanGeCO rempli. Inscrire le nom, l’adresse et le numéro de téléphone du laboratoire expéditeur, sans quoi les échantillons ne seront pas traités. Inscrire également l’identifiant (numéro du laboratoire expéditeur), la date de naissance et le sexe du patient, le type d’échantillon et la date du prélèvement. Dans la section réservée aux renseignements complémentaires, inscrire (si possible / s’il y a lieu) les antécédents de voyage du patient et les symptômes, s’ils sont connus.

Commentaires:

S/O

Méthodes et interprétation des résultats:

Qualité des séquences du génome entier; analyse des variantes et des lignées. Les données seront envoyées à l’unité de bio-informatique du LNM à des fins d’analyse et d’interprétation.

Délai d'exécution:

Le séquençage de nouvelle génération des échantillons du virus de SARS-CoV-2 soumis est réalisé dans le cadre d’un programme de référence et de surveillance. Tous les efforts seront déployés pour obtenir des données de séquençage du génome entier pour les échantillons soumis, mais, en raison de problèmes d’échantillons, il se peut que ce soit impossible. Les délais de traitement varieront en fonction du nombre d’échantillons reçus et à mesure que des protocoles seront systématisés. Veuillez communiquer avec Elsie Grudeski (elsie.grudeski@canada.ca) pour obtenir de plus amples renseignements.

Coordonnées:
Téléphone: (204) 789-2022
Télécopieur: (204) 789-2082
Personnes-ressources additionnelles
Elsie Grudeski
Téléphone: 204-789-6067
Télécopieur: 204-789-2082
Références:
Fiches d'information: